Eeuwenlang lag Nederland hoger dan de zeespiegel door een enorm veenpakket dat achter de duinen zichtbaar was. Dit veenpakket is door de Nederlanders ontgonnen, waarbij de bodem steeds verder zakte totdat grote waterplassen een gevaar vormden voor diezelfde mensen. Waterbeheersing, polderen was de oplossing . Ook op Ypenburg is heel wat afgepolderd.
Rond 1100 werd het duidelijk dat het water steeds meer een bedreiging werd voor de bewoners. De heren van het land stimuleerden de mensen om stukken van de veengebieden te ontginnen en gaven daar concessies voor af (de “copen”, denk aan Nieuwkoop, Boskoop, etc.). Die eerste ontginningen waren eenvoudig. Men groef een kanaaltje in het veen naar de dichtstbijzijnde rivier (de boezem genoemd). Het water liep dan uit het hogergelegen veen naar de Vliet. Rondom Ypenburg werden de volgende sloten gegraven:
- van Leidschendam richting Nootdorp
- van de Kerkbrug bij Voorburg richting Nootdorp
- van Drievliet richting huidige Stadsdeelkantoor
- vanaf de Vliet langs de huidige Henricuskade
Haaks op deze hoofdsloten, de weteringen, groef men nog meer sloten. Vaak hadden deze een vaste onderlinge afstand, maar niet op Ypenburg, zoals oude kaarten laten zien. Er ontstond een zogenaamd Slagenlandschap. Langs de weteringen bouwde men huizen en op het land verbouwde men vooral graan. Door de ontwatering klonk de bodem in totdat akkerbouw niet meer mogelijk was. Vervolgens ging men over op veeteelt. Als de bodem nog meer zakte kwam er een moment dat het land zo schamel werd dat turfwinning meer inkomsten gaf dan de veeteelt.
Men “baggerde” dan de turf en verkocht het als brandstof. Uiteindelijk bleef er niet meer over dan een grote plas met repen land erin, zoals de Reeuwijkse Plassen nu nog laten zien.
Het gevolg van de ontvening was niet alleen een verarming van de streek. Om voor een goede ontwatering te zorgen legde men dijken aan tussen de polders. Men sprak onderling af welk waterpeil men zou aanhouden. Hiervoor werd een lokaal bestuur opgezet. Men sprak over buurschappen of ambachten, de voorlopers van de dorpen en gemeenten. Uiteindelijk was er met deze lokale regelingen toezicht nodig op hoger niveau. Zo ontstond rond 1120 het eerste waterschap. In 1165 werd de voorganger van het huidige Rijnland gesticht. De grens tussen Delfland (waar Ypenburg bij hoort) en Rijnland bevindt zich in Leidschendam en is in de weilanden tussen Leidschendam en Zoetermeer nog zichtbaar. Ook de Landscheidingsweg ontleent zijn naam aan deze waterscheiding.
De uitvinding van de poldermolen is daarvoor waarschijnlijk belangrijk geweest. Pas na de uitvinding van de molen begon men echt over polders te spreken en de polder werd belichaamd door de molen. De molenmeester was meestal ook degene die de schouw (het toezicht) in de polder verrichtte. De eerste molen stond in Alkmaar (1408) en was zo´n succes, dat er datzelfde jaar ook Zoeterwoude er een kreeg, en dat is al aardig dicht bij.
