Tijdens de bouw van Ypenburg zijn archeologische vondsten gedaan. De meest in het oog springende was het 5000 jaar oude grafveld op het Ypenburgse Duin, in het centrumgebied.
In eerste instantie zijn deze opgravingen begeleid door Hans Koot, stadsarcheoloog van de gemeente Rijswijk. Inmiddels lopen de projecten onder de hoede van stadsarcheoloog Corien Bakker van de gemeente Den Haag. Vanuit de gemeente zijn verschillende plannen gelanceerd om de archeologische vondsten een vaste plaats op Ypenburg te geven.